Выполнятся ли defer при os.Exit?

Нет. os.Exit(code) немедленно завершает программу без выхода из функций - стек не раскручивается, defer не вызывается. Для корректного завершения лучше возвращать код из main или вызывать завершение через panic/recover на верхнем уровне (редко).