log.Fatal пишет в лог и вызывает os.Exit(1) - deferred функции не выполняются, recover бесполезен. panic раскручивает стек с выполнением defer, и панику можно перехватить через recover.

Когда что использовать

• log.Fatal - фатальные ошибки при старте (не удалось прочитать конфиг, порт занят)
• panic - исключительные ситуации в рантайме; в серверах часто перехватывают через recover в middleware