Каждый индекс - отдельная структура, которую движок обновляет при каждой записи. INSERT добавляет запись во все индексы таблицы; UPDATE обновляет индексы по изменённым столбцам; DELETE помечает/удаляет из индексов. Много индексов (например, 5-10 на одну таблицу) заметно замедляют запись. Баланс: индексы ускоряют чтение, замедляют запись.