Порядок выполнения init() строго определен:

1. Граф импортов: сначала выполняются init() всех зависимостей (рекурсивно). Пакет инициализируется только после всех своих импортов.
2. Внутри пакета: файлы обрабатываются в алфавитном порядке имен файлов.
3. Внутри файла: сначала инициализация переменных уровня пакета, затем init() в порядке объявления.

// a.go
var x = compute() // 1. переменные пакета
func init() { }   // 2. первый init a.go

// b.go
func init() { }   // 3. init b.go (b.go после a.go по алфавиту)

Каждый пакет инициализируется ровно один раз, даже если импортируется из нескольких мест. Порядок файлов (алфавитный) - деталь реализации gc-компилятора, но на нее опираться не рекомендуется.