В PHP alignment и padding не актуальны на уровне пользовательского кода - PHP абстрагирует управление памятью через zval-контейнеры.
В Go и C struct padding добавляется компилятором для выравнивания полей по границам слова процессора (4/8 байт). Неправильный порядок полей увеличивает размер структуры.
В PHP это имеет значение только при написании C-расширений (php-src) или при работе с pack()/unpack() для бинарных протоколов.