InnoDB - движок по умолчанию: транзакции, внешние ключи, row-level locking, crash recovery, MVCC. Подходит для OLTP. MyISAM - без транзакций, table-level locking, полнотекстовый поиск (старый), меньше overhead для только чтения. Для новых проектов используют InnoDB; MyISAM устаревает. InnoDB поддерживает полнотекстовые индексы с MySQL 5.6+.