Типичная структура: cmd/ содержит подкаталоги с приложениями (точками входа). Например, cmd/server/main.go, cmd/cli/main.go. Каждый подкаталог - пакет main, отдельный бинарник. Удобно для проектов с несколькими исполняемыми файлами.
cmd/
cmd/server/main.go
cmd/cli/main.go