Индекс строится по выражению (функция от столбца), а не по столбцу напрямую. Пример: WHERE lower(email) = 'a@b.com' - индекс CREATE INDEX ON users (lower(email)). В Postgres поддерживается; в MySQL - через виртуальный столбец и индекс по нему. Запрос должен использовать то же выражение, что и индекс.
CREATE INDEX idx_lower_email ON users (lower(email));